接下来，就是训练了。不是谁拿起武器就是兵的，那些流寇手里也有武器，可终究是一群乌合之众。遇到明军官兵的时候，流寇一般都是选择避其锋芒的。除非流寇人数尾大不掉，不然他们见到官兵都是躲着走。三大营的将士军备松弛已久，必须要经过一套系统的训练科目。五军营、神机营、神枢营，朱慈烺将这些将士们集合起来，开会。五军营总督董武、神枢营总督游京、加上神机营总督段永新，还有他们麾下各营将领，被朱慈烺叫到了北镇抚司。“诸位将军，本宫想问你们一个问题，如今三大营的将士军饷暂时得到解决。可将士散漫军备松弛，本宫在想，咱们应该多加训练。不知各位，你们对此有何高见？”这个将领面面相觑，训练，这有什么高见不高见的，皇太子这是怎么了。五军营总督董武，站出来一拱手：“太子殿下，这操练士兵是各营必备科目。每日各营都无有懈怠，不知殿下的训练，是何意。”“本宫的意思是，你们平日训练的时候，训练的都是一些什么科目。”董武接着回道：“回殿下的话，都是一些阵前搏击操练，还有一些阵型战术。”神枢营的游京也跟着说道：“没错，主要是骑射、弓马、兵器操练，阵型队列等等。”段永新的神机营倒是类似于近现代的训练了：“回殿下，末将的神机营主要训练的还是火器，包括短长距离射击，三排连射。队形变换操练，火器的使用以及保养，主要平日的将士们训练的都是这些。”朱慈烺摇摇头：“不行，本宫给你们重新制定一套训练科目。除了以上这些操练之外，你们还要加上几项。比如五公里负重越野、蛙跳、俯卧撑、单腿伸登、组合体能练习，除了军械还有近身格斗擒敌，包括姿势与步伐、拳法、腿法、防击打技术、还有擒敌拳...”皇太子给的这些科目，听得那些将领是一愣一愣的，他们从来没有听说，居然士兵还得练习这些。可是太子有令，众人由不得不从。很快，各营中修建了一些跑道、单双杠，还有一些木桩、徒手攀爬以及跳高之类的项目。每日，这些三大营的将士，都按照皇太子的命令，进行了一系列近现代的军事操练。重要的，他们还要练习踢步，士兵见到将领要行礼。当然，入乡随俗。朱慈烺不会让这些将士们行军礼，而是见到上级长官只需要立正站直，即便如此，许多将士依旧是非常不适应。尤其是内务，皇太子要求，各兵营的内务必须干净整洁。各军营将士首先以内务为首要考核标准，然后就是将士们的体能训练。循序渐进，最后才是各兵种的日常阵型、搏杀、弓马、器械等等冷兵器的训练。开始将士们都觉得太过古怪难以适应，可随着时间的推移，各营的将领逐渐发现，手下的将士们都变得灵活了许多。尤其是列阵，真正做到了令行禁止。
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